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颅脑损伤引起或伴发的急性和慢性精神障碍的鉴别诊断问题主要反映在如何区分脑震荡后综合征和神经症，以及如何判定一些慢性外伤性精神障碍中的器质性和非器质性成分。
1.脑震荡后综合征与神经症的区别可参考以下几点
(1)脑震荡时第三脑室和第四脑室受到冲击，从而使周围的自主神经结构和前庭装置受到损害，故有头晕、头痛、恶心呕吐、皮肤苍白、出冷汗、血压改变、心悸等自主神经症状。神经症虽然也可伴发自主神经症状，但较轻微。
(2)某些脑震荡后综合征患者可检出脑电图、脑诱发电位不正常，而神经症则属正常。
(3)头痛可因喧闹声、工作疲劳、精神刺激、眼部劳累、气候变化、体位和头位改变等因素的影响而加重，神经症患者无此特征，或仅受劳累、精神刺激的影响。
(4)治疗的反应二者是不同的，脑震荡后综合征对抗抑郁剂和抗焦虑剂有一定疗效;神经症则缺乏特异性，患者信任的治疗均有助于改善其病情。
(5)影像(CT，MRI，PET，BEAM，SPECT等)问世，可检出传统检查(神经系统检查，脑脊液检查，脑电图)不能发现的一些异常(Lishman，1988)，今后宜在疑难病例酌情应用。脑震荡后综合征需与心理创伤后应激障碍(PTSD)区别，后者是在极端严重或灾祸性心理创伤后引起，临床以闯入性回忆(包括噩梦和梦魇)，精神麻木和回避行为为特征，PTSD虽然常见于战争条件下，甚至躯体也可能受伤，但却无颅脑损伤史。
2.颅脑损伤所致慢性精神障碍需与精神分裂症和躁郁症区别。颅脑损伤可诱发或促发这2种非器质性精神障碍已无疑义，颅脑损伤后直接引起的精神分裂症样精神病已提上日程，而且也发现一些特征，但其与精神分裂症的区别仍需结合病前人格，既往精神病史，家族精神病史，临床症状，病程以及对治疗的反应，结局等方面予以探讨。
