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临床应与以下病相鉴别。
1、其他类型朊毒体病(prion diseases)是一组由变异朊蛋白引起可传递的神经系统变性疾病。
2、锥体外系疾病是一种不为人的意志控制的不自主运动和肌张力改变，情绪激动、紧张时加重，安静时减轻，睡眠时消失。这一类现象疾病称锥体外系疾病。
3、Alzheimer病又称初老期痴呆，是以进行性痴呆为主要临床表现的大脑变性性疾病，起病多在50岁以后。病理变化肉眼观，脑萎缩明显，脑回窄、脑沟宽，病变以额叶、顶叶及颞叶最显著，脑切面可见代偿性脑室扩张。
4、脑血管性病变是多发脑梗死性痴呆(MID)的基础， MID的直接原因，主要是由于动脉粥样硬化、动脉狭窄和动脉硬化斑块不断脱落，引起反复多发性脑梗死，继而导致MID
5、进行性多灶性白质脑病(progressive multifocal leukoencephalopathy，PML)是一种亚急性脱髓鞘脑病多发生于免疫功能低下、接受脏器移植者或在某种疾病基础上已证明由病毒感染引起。
6、橄榄体脑桥小脑萎缩(olivopontocerebellar atrophy，OPCA)，是一种以小脑性共济失调和脑干损害为主要临床表现的中枢神经系统慢性变性疾病。
7、肌阵挛性癫痫的特征是突发短促的震颤样肌收缩，可对称累及双侧不肌群，表现全身闪电样抖动，也可表现面部、某一肢体或个别肌群肉跳。
以上几种疾病的病症在发病现象上与库鲁病有发病症状有相同之处。
