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本病与骨纤维异常增殖症影像表现相近，鉴别较困难，主要有以下的几个鉴别要点：
1、临床表现：
骨纤维异常增殖症的临床症状为局限性隆起或肿胀、疼痛、畸形，病程发展缓慢。骨囊肿病人一般无明显症状，或仅有隐痛，呈间歇性，或在运动劳累后酸痛。
2、骨纤维异常增殖症与骨囊肿病灶形态及内部结构：
骨囊肿大多为卵圆形，囊内密度均匀;而骨纤维异常增殖症其形态及内部结构多样，可分为虫噬型、囊状型、磨玻璃型、丝瓜络型、硬化型。
3、病理性骨折时骨碎片移位情况：
骨囊肿合并病理性骨折时，骨碎片向囊腔内移位;而骨纤维异常增殖症发生病理性骨折时，骨碎片移位不明显，骨痂形成少，易形成骨不连。
4、发生部位：
骨囊肿发生在干骺端时，不超过骨骺板;而累及骨骺部的骨纤维异常增殖症常跨越骺板，其邻近的干骺部都有骨纤维异常增殖症的影像表现。
另外，本病在诊断时还需同骨巨细胞瘤、嗜酸性肉芽肿及动脉瘤样骨囊肿等相鉴别。
